Tarmpatogene E.coli
Publisert
FHI har referansefunksjon for tarmpatogene E.coli.
FHI har referansefunksjon for tarmpatogene E.coli; eae-positive E. coli (atypisk enteropatogen E. coli [aEPEC] eller EHEC-lost shigatoksin [EHEC-LST]), typisk EPEC (tEPEC), enteroinvasiv E. coli (EIEC), enterotoksigen E. coli (ETEC) og enteroaggregativ E. coli (EAEC).
Hensikten er å bidra til nasjonal epidemiologisk overvåking, utbruddsetterforskning, forebygging og bekjempelse av tarmpatogene E. coli-infeksjoner. Infeksjoner med tarmpatogene E. coli er meldingspliktig til MSIS.
Alle kliniske førstegangsisolater av tarmpatogene E. coli sendes som renkultur til FHI. Kriterier for innsending av eae-positive E. coli er angitt i Strategimøte nr. 29, 2015 og kun unntaksvis kan blandingskultur av eae-positiv E. coli innsendes. Isolater som påvises ved eventuelt sykdomsresidiv mindre enn 3 måneder etter siste positive prøve skal ikke sendes inn med mindre det foreligger grunn til å mistenke reinfeksjon.
Renkulturer av isolatene skal sendes inn sammen med utfylt rekvisisjonsskjema.
- Innsending av prøver til mikrobiologiske undersøkelser
- Praktisk veiledning: prøvemengde, medium, kjøling og pakking
- Renkultur av bakterieprøver
Alle innsendte tarmpatogene E. coli-isolater verifiseres og helgenomsekvenseres for å kartlegge virulensgener (patogrupper), serotype, sekvenstype (ST) og klustertype (CT) med tanke på molekylærepidemiologisk overvåking. ST og CT bestemmes ved multilokus sekvenstyping (MLST) [1] og kjernegenom MLST [2].