Hepatitt C-virus (HCV) helgenomsekvensering inkludert resistensbestemmelse og genotyping
Artikkel
|Publisert
På grunn av koronapandemien har laboratoriet ved FHI begrenset kapasitet til å utføre Hepatitt C-virus helgenomsekvensering inkludert resistensbestemmelse og genotyping. Analysen settes opp hver 4. uke (f.o.m. 1.mai 2021), med forbehold om at koronasituasjonen ikke forverres og ferieavvikling. Vi beklager ulempene dette måtte medføre
Indikasjon
Pasienter med kjent kronisk HCV-infeksjon der det er indikasjon for:
- oppstart av genotypespesifikk behandling
- påvisning av baseline resistensassosierte mutasjoner (RAS) før behandling
- påvisning av RAS oppstått under behandling (behandlingssvikt)
Prøve fra alle pasienter med nyoppdaget HCV-infeksjon/-reinfeksjon til nasjonal resistensovervåking i regi av register for Resistensovervåkning av virus i Norge (RAVN) og referanselaboratoriet (oppstart mai 2022). Mer informasjon: Resistensovervåking av virus i Norge (RAVN).
Analysen er arbeidskrevende og utføres derfor i prøver med tilstrekkelig konsentrasjon av HCV-RNA slik at dekningen av sekvensert genom gir tolkbare resultater. For genotyping ligger nedre grense per i dag på ca. 10 000 IU/ml, mens for fullstendig resistensundersøkelse trengs betydelig høyere konsentrasjon, helst over 100 000 IU/ml.
Prøvemateriale
Minimum 1 ml serum eller EDTA-plasma. Dersom det er utført kvantitering av HCV-RNA ved lokalt laboratorium ber vi om at analyseresultatet oppgis, hvis ikke må HCV-kvantitering utføres på ny ved FHI for å bekrefte tilstrekkelig viruskonsentrasjon. Det kreves da til sammen 2 ml prøvemateriale.
Rekvirering
For prøver med klinisk indikasjon fylles vanlig FHI-rekvisisjon ut med:
- klinisk problemstilling
- opplysninger om eventuell aktuell og tidligere behandling
- nylig HCV-RNA kvantiteringsresultat fra lokalt laboratorium hvis dette foreligger
For prøver til nasjonal resistensovervåking skal spesialrekvisisjon benyttes.
Undersøkelsesprinsipp
Helgenom NGS-basert metode ved bruk av virusspesifikke prober for anrikning (VirCapSeq, Roche) og sekvensering med Illumina-teknologi. Helgenomsekvensering muliggjør påvisning av RAS i hele HCV-genomet. Analyseverktøyet HCV-GLUE benyttes for identifisering av RAS. Metoden vil også kunne påvise genotype og ko-infeksjon med ulike genotyper.
Svartid
3-4 uker.
Tolkning
Analysen vil besvares med HCV genotype, samt eventuelle påviste RAS med tolkning knyttet til ulike antivirale medikament. Dersom det foreligger manglende dekningsgrad av genomet for å kunne vurdere forekomst av enkelte RAS vil dette kommenteres i svarbrevet. For ytterligere informasjon og lenker til forskningsartikler om betydning av ulike RAS vises til HCV-GLUE databasen. Alle NGS-undersøkelser av HCV vil inngå i RAVN (Resistensovervåking av virus i Norge)
Akkreditering
Analysen er ikke akkreditert.