Bruk av helgenomsekvensering til overvåking av multiresistent tuberkulose i Europa - en pilot i regi av det europeiske smittevernbyrået (ECDC)

Sammendrag

Prosjektbeskrivelse (revidert av REK) Hensikten med dette prosjektet er å undersøke hvordan nye molekylærepidemiologiske metoder kan standardiseres og implementeres i fortløpende overvåking av multiresistent tuberkulose i Europa. Hensikten er å etablere et europeisk system som muliggjør mer effektiv bruk av allerede innrapporterte data for mer målrettet smitteoppsporing og sykdomsbekjempelse på nasjonalt nivå og over landegrensene. Det skal benyttes data fra Meldesystem for infeksjonssykdommer (MSIS). Tilsvarende data rapporteres rutinemessig (årlig) til det europeiske smittevernbyrået (ECDC), men man har til nå brukt en molekylærepidemiologisk metode som er mindre spesifikk enn helgenomsekvensering. Det vil brukes informasjon fra helgenomanalyser av bakterieisolat som er sendt til referanselaboratoriet for tuberkulose ved Folkehelseinstituttet. Informasjon fra MSIS om alder, kjønn, fødeland, botid i Norge, organ affisert, tidligere tuberkulosesykdom og resistensresultatet. Folkehelseinstituttet har den nasjonale referansefunksjonen for tuberkulose og er derfor den eneste institusjonen som deltar i Norge. Institusjoner med tilsvarende funksjoner i andre land i EU/EEA deltar også, antallet land er ikke avklart. Studien vil omfatte alle pasienter som er meldt med dyrkningsbekreftet multiresistent tuberkulose i deltakende land i perioden juli 2017- desember 2019. De siste årene har dette vært rundt 10 pasienter med MDR TB per år i Norge, mens antallet i Europa per år er rundt 1000. Det søkes om fritak for samtykke fra allerede innhentete rapporterte data fra MSIS om alle MDR-TB pasienter og sekvensdata fra allerede mottatte bakterieisolat ved referanselaboratoriet. Data det søkes om unntak for samtykke, er data som ikke kan brukes til å identifisere enkelte pasienter. For å sikre at bakveisidentifikasjon ikke skal være mulig, vil en i prosjektet ikke oppgi sted i Norge, kun oppholdssted Norge for personene det gjelder Nesten alle de aktuelle pasientene er utenlands fødte og har relativt kort oppholdstid i Norge. Søknaden gjelder ny og endret bruk av tidligere innsamlede opplysninger og materiale, og alle aktuelle data, eller tilsvarende, rapporteres per i dag rutinemessig til det europeiske smittevernbyrået. Data skal brukes til kvalitetsforbedring av utbruddsoppklaring. Data skal sendes til Nederlands «Folkehelseinstitutt».